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碧云寺始建于元至顺二年（1331年），原名碧云庵，至今已有600余年的历史。明正德九年（1514年）和明天启三年（1623年），太监于经和魏忠贤先后对碧云寺进行扩建，具有明代建筑特点的碧云寺基本形成。清乾隆十三年（1748年），乾隆皇帝对碧云寺进行了一次大规模的扩建，新建了罗汉堂、金刚宝座塔和水泉院，形成了现在的规模。

第五进院落原名为普明妙觉殿，现为孙中山纪念堂。孙中山先生于1925年3月在北京逝世，灵柩暂厝碧云寺，1929年移陵南京前，其灵柩移至普明妙觉殿，在此设灵堂，举行3天公祭，于是将此殿更名为孙中山纪念堂。纪念堂门楣上方红色牌匾为宋庆龄所题写。纪念堂内正中为孙中山塑像，两边玻璃柜里分别陈列的是孙中山先生的书信、手稿、著作和苏联政府所赠的水晶棺。纪念堂两边分别设有展室，详细介绍了孙中山先生的革命业绩。另设有放映厅，播放《孙中山与碧云寺》记录片。
第六进院落是金刚宝座塔，这里是碧云寺的最高点，塔高34.7米，分为三层，第二层是孙中山先生衣冠冢。