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贡嘎山植物区系在整体上具有温带性质，但在干旱河谷地带，热带和温带区系成分的比例相当。热带成分的构成和分布反映古热带和古地中海区系的残遗性影响;东亚(含亚型)和东亚-北美成分对贡嘎山中部森林植物区系的影响最大，这些成分以温带古老性质为主;北温带成分是贡嘎山植物区系的主体之一，对青藏高原隆升以来贡嘎山植物区系进化类群和特有成分的发展有主要贡献，代表区系的年轻组分;中国特有种类型多样，占不同垂直植被带物种数量的40%-65%，其比例随海拔上升而增大。各类型比例的垂直变化突出反映了贡嘎山及横断山脉中海拔地段的植物区系与华中地区的联系，以及高海拔地段与青藏高原及东喜马拉雅的区系之间的联系。