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大明山自然保护区的特殊地理位置和复杂生态环境，为这里得野生动物群落结构提供了丰富得食物来源，使它们能顺利地繁衍生息。据综合考察，大明山保护区共有野生脊椎动物31目90科208属294种；其中鱼类22种，两栖类19种，爬行类2种，鸟类151种，哺乳类60种。保护区得野生动物资源丰富，种类繁多，其中属国家二级保护得珍惜动物有黑叶猴、金钱豹、蟒等3种；属二级保护得动物有林麋，苏门羚、黑熊、原鸡等34种。大明山已鉴定定名得昆虫531种，大型真菌202种。此外，保护区还是鹰科、秧鸡科、杜鹃科、三趾鸽科、卷尾科等候鸟迁徙得停歇地和必经路线，是研究候鸟迁徙路线得理想之地。