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三清山花岗岩体位于三清山山体的中心部位，其平面形态呈不规则状，在山体内出露面积约98km2。花岗岩侵入于黄土岭复式背斜南翼的南华纪—奥陶纪地层中，呈岩基、岩株状产出，侵入接触界线不规则，呈波状、港湾状或枝叉状，接触面产状倾向围岩。内接触带见1~3cm宽的致密坚硬的细晶冷凝边，岩体中残留顶盖常见，为浅剥蚀程度。外接触带具较强的热接触变质作用，形成宽500~2000余米的热接触变质晕。岩体内原生流动构造不发育，继承性脉岩发育，主要有花岗细晶岩、伟晶岩、花岗斑岩、闪长玢岩及辉长辉绿岩脉等。岩体内常见较多大小不等，形态不规则的暗色矿物相对富集闪长质包体。围岩蚀变主要有矽卡岩化、硅化及绿泥石化等。岩体主要矿物成分为钾长石、斜长石、石英、黑云母等。